FAM149B1 - FAM149B1 - Wikipedia

The Ұқсастығы бойынша отбасы 149 мүше B1 сипатталмаған ақуыз болып табылады[1] адаммен кодталған FAM149B1 ген, бір бүркеншік атпен KIAA0974.[2][3] Ақуыз жасушаның ядросында орналасқан. Геннің болжамды екіншілік құрылымында бірнеше альфа-спираль бар, олардың бірнеше бета-парақты құрылымдары бар. Ген сүтқоректілерде, құстарда, бауырымен жорғалаушыларда, балықтарда және кейбір омыртқасыздарда сақталады. Осы генмен кодталған ақуыз құрамында ортопедиясында сақталатын DUF3719 ақуыздық домені бар.[3] Ақуыз адам тіндерінің көпшілігінде орташа деңгейден сәл төмен, ми, бүйрек және аталық без ұлпаларында жоғары экспрессиямен, ал ұйқы безі тіндерінде салыстырмалы түрде төмен экспрессия деңгейін көрсетеді.[4][5]

Джин

Бұл геннің мүмкін 14 мүмкіндігі бар экзондар. Ол 10 х22.2-де оң тізбекте 10-хромосоманың алға тізбегінде орналасқан.[6] 5 'және 3' қоса алғанда, геннің жалпы аралығы UTR, 3149 базалық жұпты құрайды. Генді сол жақта NUDT13 (nudix hydrolase 13), ал оң жақта DNAJC9-AS1 (DNAJC9 антисенс РНК 1) қаптайды.

Бұл суретте FAM149B1 генінің 10-хромосомада орналасуы көрсетілген, сонымен қатар гендер қоршаған ортада көрсетілген.

Isoforms

FAM149B1 ақуызында 10 болуы мүмкін изоформалар арқылы анықталады балама қосу геннің

FAM149B1 генінің әртүрлі изоформалары[7]
Isoform атыҚосылуЭкзондарҰзындығы (bp)
Бастапқы транскриптNM_173348.1Барлығы (14)3149
X1XM_005269744.2Барлығы (14)3108
X2XM_011539737.2132935
X3XM_005269745.2133006
X4XM_017016164.1122810
X5XM_017016165.1112779
X6 *XM_017016166.192816
X6 *XM_005269747.392923
X7XM_017016167.191485
X8XM_011539740.291447

Ақуыз

Жалпы қасиеттері

FAM149B1 генімен кодталған бастапқы ақуыз ұзындығы 583 амин қышқылынан тұрады және оның молекулалық салмағы 64 кДал құрайды. Ақуыздың құрамында консервленген DUF3719 белоктық домені бар[8][6] 115–179 аминқышқылдарында орналасқан. Трансляциядан кейінгі модификацияға дейінгі ақуыздың изоэлектрлік нүктесі 6,3 құрайды,[9] және бұл изоэлектрлік нүкте протеиннің изоформаларында салыстырмалы түрде сақталады, әсіресе экзондардың құрамы ең жақын жерлерде. Бұл ақуыз серинге бай деп саналады, өйткені ол адамның басқа ақуыздарының құрамына қатысты жоғары сериндік құрамын көрсетеді.[10][11] Бұл жоғары сериндік композиция геннің ортологтарында да көрінеді.

Splice нұсқалары

Ақуыздың қосылу нұсқалары ақуыздың негізгі транскриптінен аударылатын кейбір ортақ қасиеттерін көрсетеді. Әр изоформаның ұзындығы әр түрлі болғандықтан және қолда бар экзондардың әр түрлі комбинацияларын қамтығандықтан, изоэлектрлік нүктеде және молекулалық салмақта дисперсиялар бар. Бастапқы транскриптке салмақ пен экзон құрамына жақын изоформалар, әдетте, осы сипаттамаларды бөліседі. Сақталған DUF3719 доменін жоғалтқан ақуыз изоформалары X5 және X6 изоформалары болып табылады, өйткені бұл домен 3-6 экзондар аралығында болады.

Isoform атыҚосылуМолекулалық салмақ (кДал)Ұзындығы (аа)Изоэлектрлік нүкте
Бастапқы транскриптNP_775483.1645826.3
X1XP_005269801.163.75746.3
X2XP_011538039.162.65607.5
X3XP_005269802.159.85406.4
X4XP_016871653.157.85187.7
X5XP_016871654.1534766.8
X6 *XP_016871655.146.64197.5
X6 *XP_005269804.146.64197.5
X7XP_016871656.1413685.1
X8XP_011538042.1383485.2

Құрылым

212 - 239 аминқышқылдарынан теріс заряд кластері бар. Теріс заряд кластері көбінесе кальцийді, немесе магний немесе мырыш иондарын, манноздармен байланысатын ақуызды немесе аминопептидаза.[12] Ақуызда оң немесе аралас заряд кластері жоқ. Ақуыздың қайталама құрылымы негізінен үйлеседі деп болжануда альфа-спирттер бірнешеуі болжанған бета-парақ құрылымдар.

Бұл суретте адамның FAM149B1 ақуызының болжанған 3D құрылымы көрсетілген. Үшіншілік құрылымға ықпал ететін қайталама құрылымдар альфа-спираль және бір бета-парақтың болжамды бұрылысы болып табылады.

Ішкі жасушалық локализация

Иммунофлуоресцентті дақ FAM149B1 экспрессиясын ядрода жоғары деңгейде көрсететіндігін көрсетеді.[13]

Ақуыздың жасуша асты орналасуы - ядро.[13] Бар лейцинді найзағай аминқышқылынан басталатын ақуыздағы заңдылық 347.[14]

Аудармадан кейінгі модификация

Ацетилдеу

Ақуыздар қатарындағы үшінші амин қышқылы - серин деп болжануда ацетилденген.[15]

Фосфорлану

Бірнеше болжам бар фосфорлану Бұл белоктар тізбегі үшін әр түрлі серин, тирозин және треонин аминқышқылдарының учаскелері болжанады.[16] Консервацияланған DUF3719 доменінде фосфорланудың болжалды 7 орны бар.

Сумоляция

Біреуі болжады жиынтықтау сайт K267-де ақуыздар тізбегінде анықталды.[17]

Трансляциядан кейінгі модификациядан кейінгі FAM149B1 ақуызының схемасы. DUF3719 домені де көрсетіледі.

Өрнек

Жалпы адам ағзасында бұл ген адам генінің экспрессиясының орташа деңгейінен сәл төмен деңгейлерде көрінеді.[18] Ақуыз адам денесінің көптеген жасушалық түрлерінде көрінеді.[19] Көптеген эксперименттер бүйрек, аталық бездерде және ми тіндерінде бұл ақуыздың жоғары экспрессиясын көрсетеді, ал ұйқы безі тіндерінде өте төмен өрнек байқалады.[4][5] Ген ісік тіндерінің көпшілігінде өзінің қалыпты экспрессиясынан гөрі төмен деңгейде көрінеді. Ген сонымен бірге ұрық пен нәресте тіндерінде жоғары дәрежеде көрінетін көрінеді.[20]

ДНҚ микроаррайлары туралы мәліметтер

Үлгідегі бета-катенин деңгейінің сарқылуына дейін және одан кейін FAM149B1 экспрессиясының әртүрлі деңгейлерін көрсететін ДНҚ микроаррайбалық тәжірибесі.[21]

ДНҚ микроарреясы талдау эксперименттері үлгідегі көптеген басқа гендермен салыстырғанда FAM149B1 экспрессиясының заңдылықтарын көрсетеді. FAM149B1 а-дағы көптеген гендерге қарағанда төмен экспрессия деңгейінде көрсетілген көптеген миелома жасуша сызығы және одан кейінгі гендердің экспрессиясының орташа деңгейіне дейін жоғарылағаны көрсетілген бета-катенин үлгіден таусылды.[21]

NSC319726 қатерлі ісікке қарсы препаратын қолданғаннан кейін аналық бездің қатерлі ісік жасушасы желісінде FAM149B1 генінің экспрессиясының төмендеген деңгейлерін көрсететін микроаррайба тәжірибесі.[13]

NAM39726 деп аталатын ісікке қарсы препаратты қолданғаннан кейін, FAM149B1 экспрессиясының аналық без қатерлі ісігі жасушаларының жолында геннің экспрессиясының орташа деңгейінен төмен деңгейге дейін төмендегені көрсетілген.[13]

Транскрипциялық реттеу

Генде геннің әртүрлі изоформаларымен корреляцияланған тоғыз түрлі анықталған промотор аймақтары бар. Геннің алғашқы транскрипциясының промоторында әр түрлі транскрипция факторлары үшін байланысатын орындар бар.

Өзара әрекеттесетін белоктар

Ағымдағы деректер FAM149B1 ақуызының 6 түрлі ақуыздармен өзара әрекеттесуін қолдайды.

Бір протеин FAM149B1 арқылы әрекеттесетін ақуыз екені анықталды жақындық хроматографиясы техникасы.

  • The TBC1D32 ақуыздың көптеген биологиялық процестерде рөлі бар: сол / оң симметрияны анықтау, эмбриондық цифрлық морфогенез, жүректің дамуы, камера типтегі көздің линзаларының дамуы, цилиумның қозғалмайтын жиынтығы, цилиумға ақуыз локализациясы, торлы пигмент эпителийінің дамуы және тегістелген сигнал беру. доральді / вентральды жүйке түтігінің үлгісіне қатысатын жол. Бұл ақуыз дамушы ақуызға жатады.[22]

FAM149B1 ақуызымен өзара әрекеттесуі болжанған басқа бес ақуыз процестің барысында табылды текстинг.

  • Адамның ABHD8 (Alpha / Beta Hydrolase Domain-Protein 8) ақуызы - бұл жасушадан тыс экзосомада кездесетін гидролаза ақуызы.[23]
    • METTL16 (құрамында метилтрансфераза 10 домен бар) ақуыз - бұл жасушаның ядросы мен цитозолында болатын метилтрансфераза.[24] Бұл ақуыздың өзара әрекеттесуі эксперименталды түрде анықталды ЯРС тирозиннің тРНҚ-ға қосылуын катализдейтін ақуыз (тирозил-тРНҚ синтетазы) және 7SK-нің 5 ұшында метилфосфат қақпағын қосатын MEPCE (метилфосфатты жабу ферменті). snRNA.
  • SLC6A17 (Solute Carrier отбасы 6 мүшесі 17) - бұл натрийге тәуелді везикулярлы тасымалдаушы, ол пролин, глицин, лейцин және аланин үшін селективті болып табылады және оның отбасында басқа тасымалдаушылар сияқты хлоридке тәуелді емес.[25]
  • TM2D1 (Бета-Амилоидты байланыстыратын протеин) гені бета-амилоидты индукцияланған апоптозға оның бета-APP42-мен өзара әрекеттесуімен қатысады деп саналады, сонымен қатар G-ақуызымен байланысқан рецепторлардың белсенділігі бар. Бұл белок негізінен жасушаның ядросы мен плазмалық мембранасында болады.[26]
  • DNAJc9 (DnaJ Жылу Шок Протеиндер Отбасы (Hsp40) С9 мүшесі) ақуыз HspA1A, HSPA1B және HSPA8 ақуыздарының Hsp70 отбасыларының ко-шапероны ретінде рөл атқаруы мүмкін. Бұл ақуыз жасушадан тыс, ал ядрода, плазмалық мембранада және цитозолда болады.

Гомология / эволюция

Параллель

Белгілі біреуі бар параллель, FAM149A.[27] Ол адамның хромосомасында 4q35.1-де орналасқан. Осы генмен кодталған ақуыздың қызметі жақсы түсінілмеген, бірақ сонымен қатар оның құрамында DUF3719 ақуыздық домені бар. Бұл геннің аударуымен алынған ақуыз 21,2% сәйкестілікке ие[28] FAM149B1 ақуызымен. Ақуыздар тізбегі - ұзындығы 482 амин қышқылдары.

Ортологтар

Адамның ақуыздар тізбегіне түрдің сәйкестігіне негізделген FAM149B1 генінің ортоологтары мен паралогтарының таңдалған санын көрсететін тамырымен жұлынған филогенетикалық ағаш.
Графикте FAM149B1 ортологтары бойынша фибриноген және цитохром с гендерімен салыстырғанда генетикалық модификацияның салыстырмалы жылдамдығы көрсетілген.

Бұл ген бар ортологтар сүтқоректілер, құстар, бауырымен жорғалаушылар, балықтар және кейбір омыртқасыздар арқылы.[3] Сүтқоректілерде жоғары консервация, көптеген басқа омыртқалы ортологтарда орташа, ал аз омыртқасыздар ортологтарында аз консервация бар.[29][28]

Тұқымдас түрлерЖалпы атыДивергенция уақыты (MYA)[30]Қосылу нөміріҰзындығы (аа)Жеке басын куәландыратын[28]
1Homo sapiensАдам-NP_775483.1582100%
2Pongo abeliiСуматранский орангутан15.76XP_009243761.158793.0%
3Papio anubisБабун29.4XP_003903829.158293.6%
4Бұлшықет бұлшықетіТышқан90XP_006518391.154473.5%
5Bos mutusОтандық як96XP_005910201.158486.0%
6Orcinus orcaӨлтіруші кит, Орка96XP_004273176.158587.0%
7Ailuropoda melanoleucaАлып панда96XP_011224744.159082.7%
8Afer afer aferАардварк105XP_007938812.158384.0%
9Monodelphis domesticaҚысқа құйрықты опоссум159XP_007478430.158773.5%
10Sarcophilus harrisiiТасманиялық Ібіліс159XP_012396086.158872.0%
11Ornithorhynchus anatinusПлатипус177XP_007658720.150648.1%
12Gallus gallusТауық312XP_004942035.160250.4%
13Лепидотрикс тәжіКөк тәжді манакин312XP_017688171.157647.5%
14Haliaeetus albicillaАқ құйрықты бүркіт312XP_009911204.158949.4%
15Falco peregrinusЖыртқыш сұңқар312XP_005235226.159749.2%
16Chrysemys picta belliiБатыс боялған тасбақа312XP_008169104.159656.1%
17Pelodiscus sinensisҚытайлық жұмсақ тасбақа312XP_014433498.148747.1%
18Alligator mississippiensisАмерикандық аллигатор312XP_014464842.159655.0%
19Xenopus tropicalisБатыс тырнақ бақа352NP_001278638.156139.8%
20Данио рериоЗебра балықтары435NP_001074134.164437.7%
21Lepisosteus oculatusНақты гар435XP_015202055.164737.9%
22Oreochromis niloticusНіл тілапиясы435XP_005474333.168334.3%
23Callorhinchus miliiАвстралиялық елес473XP_007897395.163836.8%
24Ciona intestinalisТеңіз шприці676XP_002129894.180724.5%
25Aplysia californicaКалифорниядағы теңіз шламы797XP_012945921.131216.9%

Клиникалық маңызы

Генді ғалымдар негізінен жақсы түсінбесе де, оның әр түрлі қатерлі ісіктердің кең спектрімен байланысты екендігі көрсетілген.[31][32]

FAM149B1 гені сонымен бірге мутациясы бар 15 аймақтың бірін құрайтын 11 геннің аймағына кіреді. Африка пигмиясы фенотип.[33][34]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «149 мүше B1 (FAM149B1), мРНҚ дәйектілігі ұқсас Homo sapiens». Алынған 6 ақпан 2017.
  2. ^ «FAM149B1 дәйектілігі ұқсас 149 отбасы B1 отбасы». Алынған 6 ақпан 2017.
  3. ^ а б c «Ген: FAM149B1». Ансамбль. Алынған 6 ақпан 2017.
  4. ^ а б Адам ақуызы атласы, FAM149B1 http://www.proteinatlas.org/ENSG00000138286-FAM149B1/tissue
  5. ^ а б NCBI, Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, H. sapiens FAM149B1 ETS https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/317662
  6. ^ а б «FAM149B1 гені». Ген-карталар. Алынған 6 ақпан 2017.
  7. ^ «FAM149B1 отбасы дәйектілігі ұқсас 149 мүшесі B1 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2017-05-06.
  8. ^ «Белгісіз функция ақуызы DUF3719 (IPR022194)». InterPro.
  9. ^ PI, Biology Workbench. Доктор Лука Толдоның бағдарламасы, http://www.embl-heidelberg.de сайтында жасалған. Бьорн Киндлер ең төменгі таза зарядты басып шығару үшін өзгертті. EMBL WWW шлюзінен Isoelectric Point қызметіне қол жетімді {{cite web | url = http: //www.embl-heidelberg.de/cgi/pi-wrapper.pl | title = Мұрағатталған көшірме | accessdate = 2014-05-10 | url -status = dead | archiveurl = https: //web.archive.org/web/20081026062821/http: //www.embl-heidelberg.de/cgi/pi-wrapper.pl | мұрағат = 2008-10-26}}
  10. ^ AASTATS, Biology Workbench. Джек Крамердің, 1990 ж.
  11. ^ SAPS, Biology Workbench. Алгоритм: Брендель, В., Бухер, П., Нурбахш, И.Р., Блэрделл, Б.Е. & Karlin, S. (1992) «Ақуыздар тізбегін статистикалық талдау әдістері мен алгоритмдері» Proc. Натл. Акад. Ғылыми. АҚШ 89, 2002-2006. Бағдарлама: Фолькер Брендель, Математика бөлімі, Стэнфорд университеті, Стэнфорд CA 94305, АҚШ
  12. ^ Чжу, З.Ю .; Карлин, С. (1996-08-06). «Ақуыздың үш өлшемді құрылымдарындағы зарядталған қалдықтардың кластері». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 93 (16): 8350–8355. Бибкод:1996 PNAS ... 93.8350Z. дои:10.1073 / pnas.93.16.8350. ISSN  0027-8424. PMC  38674. PMID  8710874.
  13. ^ а б c г. «GDS4877 / 213463_s_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2017-05-07.
  14. ^ «PSORT болжау құралы». GenScript.
  15. ^ NetAcet: N-терминалды ацетилдеу алаңдарын болжау., Expasy арқылы қол жетімді. Ларс Киемер, Янник Дирлов Бендцен және Николай Блом. Биоинформатикада қабылданған, 2004 ж.
  16. ^ NetPhos: Аминоқышқылдар тізбегінен ақуыздардың трансляциялық гликозилденуін және фосфорлануын болжау. Blom N, Sicheritz-Ponten T, Gupta R, Gammeltoft S, Brunak S. Proteomics: маусым; 4 (6): 1633-49, шолу 2004.
  17. ^ SUMOplot талдау бағдарламасы, Abgent әзірлеген, авторлық құқық © 2013 -2017 http://www.abgent.com/sumoplot
  18. ^ «FAM149B1 іздеу нәтижелері». pax-db.org. Алынған 2017-05-07.
  19. ^ NCBI GeoProfile, Homo sapiens FAM149B1, GDS596 профилі https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596%3A213463_s_at
  20. ^ Топ, Шулер. «EST профилі - Hs.408577». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2017-05-07.
  21. ^ а б «GDS3578 / 213463_s_at». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2017-05-07.
  22. ^ Хаттлин, Э., Тинг, Л., Брукнер, Р., Гебраб, Ф., Гиги, М., Шпыт, Дж.,. . . Gygi, S. (2015). BioPlex желісі: Адамның интерактомасын жүйелі түрде зерттеу. Ұяшық, 162 (2), 425-440. doi: 10.1016 / j.cell.2015.06.043
  23. ^ «ABHD8_HUMAN». UniProt.
  24. ^ «METTL16 гені». Ген-карталар. Архивтелген түпнұсқа 2011-11-16.
  25. ^ «SLC6A17 гені». Ген-карталар. Архивтелген түпнұсқа 2011-11-07.
  26. ^ «TM2D1 Гені». Ген-карталар. Архивтелген түпнұсқа 2011-11-30.
  27. ^ «Тізбектей ұқсастыққа ие Homo sapiens отбасы 149 мүше A (FAM149A), t - Nucleotide - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2017-05-06.
  28. ^ а б c «ALIGN». Biology Workbench. Алынған 26 ақпан 2017.
  29. ^ «NCBI BLAST». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. Алынған 26 ақпан 2017.
  30. ^ «Уақыт ағашы». Уақыт ағашы. Алынған 26 ақпан 2017.
  31. ^ Икеда, А; Шимизу, Т; Мацумото, Ю (19 қыркүйек 2013). «Лептинді рецепторлық соматикалық мутациялар HCV жұқтырған бауыр циррозымен жиі кездеседі және гаптоцеллюлярлы карциномамен байланысты». Гастроэнтерология. 146 (1): 222–32. дои:10.1053 / j.gastro.2013.09.025. hdl:2433/180778. PMID  24055508.
  32. ^ Хадж-Хамоу, NS; Лае, М; Альмейда, А (24 сәуір 2012). «Эндотелиальды лимфа жасушаларының транскриптоматикалық қолтаңбасы сәулеленуден кейінгі сәулеленуден кейінгі сүт безі ангиосаркомаларында тотығу стрессінің созылмалы қолтаңбасымен қатар жүреді». Канцерогенез. 33 (7): 1399–405. дои:10.1093 / карцин / bgs155. PMID  22532251.
  33. ^ Адамдардағы тропикалық ормандарға бейімделудің конвергентті геномды белгілерін анықтау. (Зерттеу мақаласы) Аморим, Карлос Эдуардо Г. Дауб, Джозефина Т. Сальцано, Франциско М. Фоль, Матье; Excoffier, LaurentPLoS ONE, 7 сәуір, 2015, 10-том (4), p.e0121557 [Бірге қаралған журнал]
  34. ^ Адамның африкалық пигмиялық фенотипімен коваризацияланатын локустардың адаптивті эволюциясы Мендизабал, Изабель; Маригорта, Урко; Лаос, Оскар; Comas, DavidHuman Genetics, 2012, Vol.131 (8), pp.1305-1317 [Бірге қаралған журнал]