Flavivirus 5 UTR - Flavivirus 5 UTR - Wikipedia

Flavivirus-5UTR
RF03546.svg
Консенсус екінші құрылым және реттілікті сақтау Flavivirus 5 'UTR
Идентификаторлар
ТаңбаFlavivirus-5UTR
РфамRF03546
Басқа деректер
РНҚ түрі Cis-reg
КЕТБАРУ: 0039694
СОЖ: 0000205
PDB құрылымдарPDBe

Flavivirus 5 'UTR болып табылады аударылмаған аймақтар вирустың геномында Флавивирус.

Фон

The Флавивирус позитивті бағытталған, бір бұрымды РНҚ геномның ұзындығы 10 000 - 11 000 құрайды негіздер. Тұқымға адам жатады патогендер сияқты Зика вирусы, Батыс-Ніл вирусы, Денге вирусы, Yellow Fever вирусы және басқа да[1].

Флавивирустардың 5 'UTR құрылымы жоғары, ұзындығы шамамен 100 құрайды нуклеотидтер және екі консервіленген айлақ РНҚ екінші құрылымдары вирустық өмірлік цикл үшін өте маңызды[2][3]. Репликация кезінде 5 'UTR-мен өзара әрекеттеседі 3 'UTR жаңа вирустық репликалар мен вирустық ақуыздардың синтезін бастау үшін геномның аударма. 5 'UTR тікелей іргелес жерде вирустық репликация үшін өте маңызды cHP құрылымы жатыр[4][5].

5'SLA

Бірінші құрылымдық элемент 5'SLA деп аталады және үш пішінді (S1, S2, S3) Y-тәрізді өзек құрылымы ретінде бүктелген және бүйірлік құрылым доменін (SSD) құрайды. Оның жалпы ұзындығы шамамен 70 нуклеотид. S1 және S2 үзіліс эксперименттері вирустың тоқтауына әкелді шағылыстыру. Әрі қарай, SLA - бұл промоутер РНҚ синтезі үшін және вирустық геномды циркуляризациялау кезінде NS5 вирустық ақуызымен өзара әрекеттеседі[6][7]. NS5-ті қабылдағаннан кейін S3 (TL) және SSD (SSL) екі циклды аймақтары NS5-пен өзара әрекеттеседі деп саналады полимераза белсенділік[4][8]. SSD әртүрлілігіне қарамастан, оның тұрақты құрылымы өте қажет инфекция[4].

5'SLB

Екінші элемент 5'SLB деп аталады және аударманың басталуын қамтиды кодон бағаналы ілмектің жоғарғы аймағында. Оның құрамында геномның циркуляризациясы үшін маңызды 5'UAR (жоғарғы ағыс AUG аймағы) бар.[9]. 5'UAR геномның 3 'UTR-де орналасқан 3'UAR-мен өзара әрекеттесіп, ұзақ қашықтықтағы РНҚ-РНҚ әрекеттесуін құрайды.[9].

cHP

Капсидті кодтайтын аймақ (cHP) шын мәнінде орналасқан ORF вирустық геномнан тұрады және 5'CS (консервіленген дәйектілік) жалғасады, ол 3 'UTR (3'CS) -мен тағы бір ұзақ қашықтықтағы РНҚ-РНҚ әрекеттесуін құрайды.[5]. CHP кодонды тануға және вирустың репликациясына көмектеседі. Зерттеулер көрсеткендей, cHP функциясы реттілікке тәуелді емес, бірақ құрылымға тәуелді[10].

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «Вирустардың таксономиясы бойынша халықаралық комитет (ICTV)». talk.ictvonline.org. Алынған 2020-08-14.
  2. ^ Нг, Ви; Сото-Акоста, Рубен; Брэдрик, Шелтон; Гарсия-Бланко, Мариано; Ooi, Eng (2017-06-06). «Флавивирустық геномның 5 және 3 аударылмаған аймақтары». Вирустар. 9 (6): 137. дои:10.3390 / v9060137. ISSN  1999-4915. PMC  5490814. PMID  28587300.
  3. ^ Гебхард, Леопольдо Г .; Филоматори, Клаудия V .; Гамарник, Андреа В. (2011-09-15). «Денге вирусының геномындағы функционалды РНҚ элементтері». Вирустар. 3 (9): 1739–1756. дои:10.3390 / v3091739. ISSN  1999-4915. PMC  3187688. PMID  21994804.
  4. ^ а б в Ценг, Миао; Дуань, Янпин; Чжан, Вэй; Ван, Миншу; Цзя, Ренён; Чжу, Деканг; Лю, Мафенг; Чжао, Синсин; Ян, Цяо; Ву, Ин; Чжан, Шакиу (2020-03-27). «РНҚ-ның москитті флавивирусқа (MBFV) енуінің жалпы құрылымы туралы түсінік». Микробиологиядағы шекаралар. 11: 473. дои:10.3389 / fmicb.2020.00473. ISSN  1664-302X. PMC  7118588. PMID  32292394.
  5. ^ а б Клайд, Карен; Баррера, Хулио; Харрис, Ева (2008-09-01). «Капсидті кодтайтын аймақ қыстырғыш элементі (cHP) денге вирусын және Батыс Ніл вирусының РНҚ синтезін шешуші фактор болып табылады». Вирусология. 379 (2): 314–323. дои:10.1016 / j.virol.2008.06.034. PMC  2628549. PMID  18676000.
  6. ^ Filomatori, C. V. (2006-08-15). «5 'РНҚ элементі денге вирусының айналмалы геномдағы РНҚ синтезіне ықпал етеді». Гендер және даму. 20 (16): 2238–2249. дои:10.1101 / gad.1444206. ISSN  0890-9369. PMC  1553207. PMID  16882970.
  7. ^ Ю, Ли; Номагучи, Масако; Падманабхан, Р .; Маркофф, Льюис (2008-04-01). «Флавивирустық РНҚ синтезіндегі және вирустық репликациядағы 5 ′ және 3 ′ терминал аймақтарының элементтеріне қойылатын нақты талаптар». Вирусология. 374 (1): 170–185. дои:10.1016 / j.virol.2007.12.035. PMC  3368002. PMID  18234265.
  8. ^ Филоматори, Клаудия V .; Иглесиас, Нестор Г. Вильордо, Серхио М .; Альварес, Диего Е .; Гамарник, Андреа В. (2011-03-04). «Денге вирустық полимеразасын алу және белсенділігі үшін қажетті РНҚ тізбегі мен құрылымдары». Биологиялық химия журналы. 286 (9): 6929–6939. дои:10.1074 / jbc.M110.162289. ISSN  0021-9258. PMC  3044948. PMID  21183683.
  9. ^ а б Альварес, Диего Е .; Лодейро, Мария Ф .; Люденья, Сильвио Дж .; Пьетрасанта, Лиа I .; Гамарник, Андреа В. (2005-06-01). «Ұзын диапазондағы РНҚ-РНҚ өзара әрекеттесуі денге вирусының геномын айналдырады». Вирусология журналы. 79 (11): 6631–6643. дои:10.1128 / JVI.79.11.6631-6643.2005. ISSN  0022-538X. PMC  1112138. PMID  15890901.
  10. ^ Клайд, Карен; Харрис, Ева (2006-03-01). «Денге вирусының кодтау аймағындағы РНҚ екінші құрылымы 2 типті аударманы кодонды таңдауға бағыттайды және вирусты көбейту үшін қажет». Вирусология журналы. 80 (5): 2170–2182. дои:10.1128 / JVI.80.5.2170-2182.2006. ISSN  0022-538X. PMC  1395379. PMID  16474125.