HomoloGene - HomoloGene - Wikipedia

HomoloGene, Құрама Штаттардың құралы Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) - бұл автоматты түрде анықтауға арналған жүйе гомологтар (жалпы ата-бабасынан шыққанға ұқсастық) бірнеше толығымен тізбектелген эукариоттық геномдардың аннотацияланған гендері арасында.[1]

HomoloGene өңдеуі кіретін организмдерден алынған ақуызды талдаудан тұрады. Кезектіліктер салыстырмалы түрде салыстырылады, содан кейін сәйкестендіріліп, топтастырылады, жүйелілік ұқсастығынан құрылған таксономиялық ағаш қолданылады, мұнда алдымен жақын ағзалар сәйкес келеді, содан кейін ағашқа одан әрі организмдер қосылады. Ақуыздың түзулері сәйкесінше ДНҚ тізбектеріне, содан кейін қашықтық көрсеткіштеріне молекулалық арақашықтық ретінде бейнеленеді Джукес пен Кантор (1969), Ka / Ks қатынасы есептеуге болады.

А-ны қолдану арқылы реттіліктер сәйкес келеді эвристикалық алгоритм екі жақты сәйкестендіруді жергілікті емес, жаһандық деңгейде көбейту үшін (қараңыз) толық екі жақты график ). Содан кейін ол әр матчтың статистикалық маңыздылығын есептейді. Ажыратулар позиция бойынша жасалады және Ks мәндері жалғанның алдын алу үшін орнатылады «ортологтар» топтастырудан. «Параллельдер» басқа түрлерге қарағанда түрлер ішінде жақын болатын тізбектерді табу арқылы анықталады.

Кіретін организмдер

Метазоа

Омыртқалылар

Homo sapiens, Пантроглодиттер, Бұлшықет бұлшықеті, Rattus norvegicus, Canis lupus таныс, Бос таурус, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Данио рерио "

Омыртқасыздар

"Дрозофила меланогастері, Anopheles gambiae, Caenorhabditis elegans "

Саңырауқұлақтар

"Saccharomyces cerevisiae, Шизосахаромицес помбы, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa "

Өсімдіктер

Дикоттар

"Arabidopsis thaliana "

Монокоттар

"Oryza sativa "

Протиста

"Plasmodium falciparum.

Интерфейс

HomoloGene барлық Entrez дерекқорларымен байланысты және осы сілтемелердің гомологиясы мен фенотипі туралы ақпаратқа негізделген:

Нәтижесінде HomoloGene гендер, ақуыздар, фенотиптер және сақталған домендер туралы ақпаратты көрсетеді.

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ «Үй - HomoloGene - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы. Алынған 16 қазан 2020.

Сыртқы сілтемелер