Джеффри Скольник - Jeffrey Skolnick

Джеффри Скольник
Туған
Бруклин, Нью Йорк
Белгіліақуыз құрылымын талдаудың есептеу техникасы
Марапаттар
Ғылыми мансап
Өрістер
Мекемелер
ДиссертацияПолиэлектролит үлгісіндегі таяқшаны зерттеу (1978)
Докторантура кеңесшісіПрофессор Маршалл Фиксман; Ph.D.
Веб-сайтwww.биология.гатех.edu/ адамдар/ Джеффри-Скольник

Джеффри Скольник американдық есептеу биологы. Ол қазіргі уақытта Джорджия технологиялық институты Биология мектебінің профессоры, директор Жүйелік биологияны зерттеу орталығы, Мэри және Мейси Гибсон кафедрасы, Джорджия зерттеу альянсы Есептеу жүйелері биологиясының көрнекті ғалымы, директор Интеграциялық БиоЖүйелер институты, және бұрын Intellimedix ғылыми кеңесшісі болған.[1]

Ол ақуыздың құрылымы мен функциясын болжау үшін есептеу алгоритмдерін және олардың протеомдарға қолданылуын, дәрі-дәрмектерді табуға арналған қосылыстармен лиганд-ақуыздың кішігірім молекулаларының өзара әрекеттесуін болжауға, қолданыстағы дәрілік заттарды мақсаттан тыс қолдануды болжауға және ақуыздың құрылымы мен қызметін анықтаудағы ақуыз физикасы мен эволюциясы арасындағы өзара байланысты зерттеу.

Скольник көбінесе оның санын көрсетумен танымал лиганд байланыстырушы қалталар ақуыздарда өте аз, осылайша есірткіні қайта масштабтаудың тиімді жұмыс істеу ықтималдығын дәлелдейді. Бұл виртуалды лигандты скринингте болжамды және эксперименттік құрылымдарды қолданыстағы тәсілдерге қарағанда жоғары дәлдік пен дәлдікте қолдану мүмкіндігімен үйлескенде, FDA мақұлдаған дәрілік заттарды эксперименттік сәттіліктің жоғары ықтималдығы бар жаңа әсер ету механизмдерін есептеу арқылы анықтауға мүмкіндік береді.[2][3][4]

Негізгі жаңалықтар

Ақуыз құрылымдары мен өзара әрекеттесулерінің кітапханасының толықтығы

Скольник бірыңғай домендік ақуыз құрылымдарының кітапханасы толықтай аяқталғанын және табиғатта байқалатын қатпарлардың тығыз полимер тізбектерін ұстаудан туындайтындығын алғаш рет көрсетті. Ол әрі қарай осы тығыз полимерлі тізбектердің және гидродинамикалық өзара әрекеттесулердің шектелуі жасушалардағы диффузиялық процестерге басым үлес қосқанын көрсетті. Сонымен қатар, гидродинамикалық өзара әрекеттесу маңызды функционалдық салдары болуы мүмкін ауқымды уақыттық және кеңістіктік корреляцияларды тудырды.[2][3][5][6]

Лигандты гомологиялық модельдеу

Ол сондай-ақ лиганд гомологиясын модельдеу саласында өзінің жіпке негізделген, ақуыздар функциясын қорытындылауға, байланыстыратын орынды болжауға және виртуалды лигандты скринингке арналған FINDSITE тәсілімен алғашқы болды. Зерттеулер көрсеткендей, жіппен анықталған қашықтықтан байланысқан ақуыздар көбінесе құрамында қатты конкорьлық функционалды топтары бар химиялық ұқсас лигандармен байланысқан жалпы лиганды байланыстыратын жерді, сондай-ақ олардың байланысу ерекшелігін ескеретін айнымалы аймақты бөліседі. Бұл түсініктер төмен ажыратымдылықтағы болжамды құрылымдарды лигандты скрининг / байланыстыру позаларын болжау үшін қолдануға мүмкіндік береді, дәлдігі жоғары эксперименттік құрылымдармен салыстырмалы дәлдікпен. Виртуалды лиганд скринингінде соңғы нұсқасы FINDSITEcomb болжамды және жоғары ажыратымдылықтағы эксперименттік құрылымдардағы дәстүрлі виртуалды скринингтік тәсілдерге қарағанда әлдеқайда жақсы жұмыс істейтіндігі көрсетілген.[7][8]

TASSER ақуыз құрылымын болжау

Ол сондай-ақ TASSER протеин құрылымын болжау әдісін жасады, оның нұсқалары ең жақсы орындаушылар болып табылады CASP және үшін негіз I-TASSER қызмет. TASSER алғашқы шаблоннан гөрі модельдері табиғи құрылымға жақын болатын алғашқы әдістердің бірі болды.[9][10]

Odijk-Skolnick-Fixman электростатикалық табандылық ұзындығы

Скольниктің Ph.D. «Полиэлектролиттік үлгідегі таяқшаны зерттеу» тезисі, Фикманмен және Одийкпен бірге полиэлектролиттердегі электростатикалық тұрақтылық ұзындығының теориясын әзірледі. Odijk-Skolnick-Fixman электростатикалық табандылық ұзындығы ол әлі күнге дейін классикалық эталон болып саналады.[11][12]

Білім

Скольник 1975 жылы Вашингтон университетінің химия өнері бакалавры дәрежесін бітірді. Вашингтон университетінен кейін ол Йельге ауысып, оны 1977 жылы химия бойынша философия магистрі және Ph.D докторантурасымен бітірді. Химияда тек бір жылдан кейін 1978 ж.

Оның кандидаты Доктор Маршалл Фиксманның қатысуымен полимерлік статистикалық механикаға арналған «Полиэлектролиттік үлгідегі таяқшаны зерттеу» тезисі. Скольник пен Фикман сипаттаған және Тео Одийк дербес әзірлеген әдістер әлі күнге дейін полиэлектролиттердің электростатикалық табандылық ұзындығының негізі ретінде қолданылады.[11]

Академиялық тану

Марапаттар

Скольник Американың ғылымды дамыту қауымдастығының, биофизикалық қоғамның және Сент-Луис ғылым академиясының стипендиаты ретінде танылды. Ол Альфред П.Слоан атындағы ғылыми стипендиямен марапатталды.[13][14][15][16]

Журналдар мен редакция алқалары

МерзімдеріЖурнал
2012 - қазіргі уақытРедакциялық кеңес, PeerJ[17]
2012 - қазіргі уақытҚұрылымдық биология бөлімінің редакторы, тікелей биология[18]
2011 - қазіргі уақытқа дейінРедакциялық кеңес, қазіргі биоинформатика[19]
2005 - қазіргі уақытқа дейінБиология дирекциясы, редакциялық кеңес[18]
2005 - қазіргі уақытқа дейінРедакциялық кеңес, ақуыздар туралы ғылым[20]
1998 - қазіргі уақытқа дейінРедакциялық кеңес, ақуыздар[21]

Ол сондай-ақ GeneFormatics құрылымдық протеомика компаниясының негізін қалаушы болып табылады және оның бағдарламалық жасақтамасы Трипос арқылы коммерцияланған.[22]

Кәсіби мансап

МерзімдеріЛауазымы
2010 - қазіргі уақытқа дейінИнтеграцияланған биожүйелер институтының директоры, Джорджия технологиялық институты[1]
2008 - қазіргі уақытқа дейінМэри мен Мейси Гибсон есептеу жүйелерінің биологиясы кафедрасы[23]
2008–2010Джорджия технологиялық институты, Интеграцияланған Биосистемалар Институтының қауымдастырылған директоры[1]
2007–2012Джорджия технологиялық институтының химия және биохимия мектебінің қосымша профессоры
2006 - қазіргі уақытқа дейінДжорджия технологиялық институтының жүйелік биологияны зерттеу орталығының директоры[1]
2006 - қазіргі уақытқа дейінGRA Көрнекті ғалым, есептеу жүйелерінің биологиясы [1]
2006 - қазіргі уақытқа дейінДжорджия технологиялық институтының биология мектебінің профессоры[24]
2002–2005Буффало биоинформатиканың шеберлік орталығының директоры[25]
2002–2005Профессор, құрылымдық биология, Буффалодағы университет[26]
1999–2002Danforth өсімдіктер ғылыми орталығының директоры, есептеу / құрылымдық биология[27]

Патенттер

23.11.1993 жылы берілген №5265.030 патент. Ақуыздардың үш өлшемді құрылымын анықтау жүйесі мен әдісі. Джеффри Скольник пен Анджей Колинский өнертапқыштар.[28]

Патенттік № 5,933,819 3.08.1999 ж. Берілген. Биологиялық активпептидтер мен пептидті миметиканың салыстырмалы байланыстырушы мотивтерін болжау. Джеффри Скольник, Мариуш Милик және Анджей Колинский өнертапқыштар.[29]

7.10.2003 жылы берілген №6,631,332 патент. Тораптың функционалды дескрипторларын қолдану әдістері және ақуыздың қызметін болжау. Джеффри Скольник және Джекелин С. Фетроу Өнертапқыштар.[30]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e «SURA Georgia биотехнологын көрнекті ғалым ретінде құрметтейді». Протеомика апталығы. NewsRX. 24 наурыз 2014 ж. Мұрағатталған түпнұсқа 2015 жылғы 29 наурызда. Алынған 3 тамыз 2014.
  2. ^ а б Чжан, Ю .; Хабнер, I. А .; Аракаки, ​​А. К .; Шахнович, Е .; Скольник, Дж. (2006 ж., 14 ақпан). «Бір доменді ақуыз құрылымдарының шығу тегі және толықтығы туралы». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 103 (8): 2605–2610. дои:10.1073 / pnas.0509379103. PMC  1413790. PMID  16478803.
  3. ^ а б Скольник, Джеффри; Чжоу, Хунги; Брилинский, Михал (2012 ж. 14 маусым). «Біртұтас домендік ақуызды құрылымдардың кітапханасының толықтығы туралы қосымша дәлелдер». Физикалық химия журналы B. 116 (23): 6654–6664. дои:10.1021 / jp211052j. PMC  3351587. PMID  22272723.
  4. ^ «Ақуыздарды зерттеу есірткінің жанама әсерлерін тудырмайды». Бүгінде есірткіні табу. 2013 жылғы 23 мамыр.
  5. ^ Чжан, Ян (2009). «Ақуыздың құрылымын болжау: бұл қашан пайдалы?». Құрылымдық биологиядағы қазіргі пікір. 19 (2): 145–155. дои:10.1016 / j.sbi.2009.02.005. PMC  2673339. PMID  19327982.
  6. ^ Солтсман, Кирсти. «Молекулалардың жасушалар ішінде қозғалуын модельдеу». Ұлттық денсаулық сақтау институттары.
  7. ^ Брылинский, М .; Скольник, Дж. (28 желтоқсан 2007). «Лиганды байланыстыратын учаскені болжау және функционалды аннотация үшін жіпке негізделген әдіс (FINDSITE)». Ұлттық ғылым академиясының материалдары. 105 (1): 129–134. дои:10.1073 / pnas.0707684105. PMC  2224172. PMID  18165317.
  8. ^ Карыпис, Джордж; Рангвала, Хузефа (2011 ж. 16 наурыз). Ақуыздың құрылымын болжауға кіріспе: әдістер мен алгоритмдер. Джон Вили және ұлдары. б. 349. ISBN  978-1-118-09946-9.
  9. ^ Чжан, Ян; Аракаки, ​​Адриан К .; Скольник, Джеффри (2005). «ТАССЕР: CASP6-да ақуыздың үшінші құрылымдарын болжаудың автоматтандырылған әдісі». Ақуыздар: құрылымы, қызметі және биоинформатика. 61 (S7): 91-98. дои:10.1002 / прот.20724. PMID  16187349.
  10. ^ Рой, Амбриш; Кукукурал, Альпер; Чжан, Ян (25 наурыз 2010). «I-TASSER: автоматтандырылған ақуыз құрылымы мен функциясын болжауға арналған бірыңғай платформа». Табиғат хаттамалары. 5 (4): 725–738. дои:10.1038 / nprot.2010.5. PMC  2849174. PMID  20360767.
  11. ^ а б Скольник, Джеффри; Фиксман, Маршалл (1977). «Құрт тәрізді полиэлектролиттің электростатикалық тұрақтылық ұзындығы». Макромолекулалар. 10 (5): 944–948. дои:10.1021 / ma60059a011.
  12. ^ Диас, Рита; Линдман, Бьорн. ДНҚ-ның полимерлермен және сурфактанттармен әрекеттесуі. Джон Вили және ұлдары. б. 26.
  13. ^ «Өткен стипендиаттар». Альфред П. Слоан қоры. Архивтелген түпнұсқа 2016 жылғы 25 ақпанда. Алынған 3 тамыз 2014.
  14. ^ «AAAS News & Notes». Американдық ғылымды дамыту қауымдастығы. Архивтелген түпнұсқа 2012 жылғы 30 шілдеде.
  15. ^ «Биофизикалық қоғам сыйлығының қызметкері». biophysics.org. Биофизикалық қоғам. Алынған 3 тамыз 2014.
  16. ^ «Академия стипендиаттары». academyofsciencestl.org. Сент-Луис ғылым академиясы. Алынған 3 тамыз 2014.
  17. ^ «Консультативтік кеңес және редакторлар - есептеу биологиясы». http://peerj.com/. PeerJ. Алынған 3 тамыз 2014. Сыртқы сілтеме | веб-сайт = (Көмектесіңдер)
  18. ^ а б «Редакциялық кеңес». biologydirect.com. Тікелей биология. Алынған 3 тамыз 2014.
  19. ^ «Редакциялық кеңес ::: Қазіргі биоинформатика». Бентам ғылымы. Алынған 3 тамыз 2014.
  20. ^ «Протеин ғылымы - Редакциялық кеңес - Wiley онлайн кітапханасы». Ақуыздар туралы ғылым. дои:10.1002 / (ISSN) 1469-896X.
  21. ^ «Ақуыздар: құрылымы, қызметі және биоинформатика - Редакция алқасы - Wiley онлайн кітапханасы». Ақуыздар: құрылымы, қызметі және биоинформатика. дои:10.1002 / (ISSN) 1097-0134.
  22. ^ Хоер, Дороти. «Биотехника». Олбрайт колледжі. Алынған 3 тамыз 2014.
  23. ^ «ДӘРІЛЕРДІ АШУ ЖӘНЕ ТЕРАПИЯЛЫҚ ДҮНИЕЖҮЗІЛІК КОНГРЕСС 2015». ddtwc.com/. Архивтелген түпнұсқа 11 тамыз 2014 ж. Алынған 3 тамыз 2014.
  24. ^ «Джорджиядағы Tech Research есірткінің жанама әсерлерін сөзсіз ұсынады». Ғаламдық био қорғаныс. Stemar Media Group, LLC. Алынған 3 тамыз 2014.
  25. ^ Друри, Трейси (2004 ж. 1 наурыз). «Биоинформатика ғалымдары UB компаниясының Симпсоны қозғаған». Буффало бизнесі. Іскери журналдар. Алынған 3 тамыз 2014.
  26. ^ «UB Патакиді құрметтейді, жаңа биоинформатика директорын қарсы алады». WBFO Buffalo's NPR News Station. 10 мамыр 2002 ж. Алынған 3 тамыз 2014.
  27. ^ Хопкин, Карен (12 маусым 2002). «Есептеуші биологтар қатарға қосылыңыз». Bio-ITWorld. Кембридж Healthtech институты. Алынған 3 тамыз 2014.
  28. ^ АҚШ патенті 5265030 
  29. ^ АҚШ патенті 5933819 
  30. ^ АҚШ патенті 6631332 

Сыртқы сілтемелер