METLIN - METLIN

METLIN дерекқоры
Мазмұны
Сипаттамасонымен қатар химиялық заттар туралы ақпарат қоймасы тандемді масс-спектрометрия деректер
Байланыс
Зерттеу орталығыСкриппс ғылыми-зерттеу институты
ЗертханаСиуздак зертханасы Скриппс ғылыми-зерттеу институты
Шығару күні2005
Кіру
Веб-сайтметлин.scripps.edu

The METLIN метаболиті және химиялық субстанциясы туралы мәліметтер базасы[1][2][3] - эксперименталды ең үлкен қойма тандемді масс-спектрометрия стандарттардан алынған мәліметтер. 850 000-нан астам молекулалық стандарттар бойынша тандемдік масс-спектрометрия деректері (24 тамыз 2020 ж. Жағдай бойынша))[4] тандемді масс-спектрометриялық тәжірибелерден химиялық заттарды анықтауды жеңілдету үшін ұсынылған. Белгілі молекулаларды идентификациялаудан басқа, белгісіздерді анықтауға пайдалы[3] оның ұқсастығын іздеу технологиясын қолдана отырып.[5] Тандемдік масс-спектрометрияның барлық деректері бірнеше соқтығысу энергиясындағы және оң және теріс иондану режимдеріндегі стандарттардың эксперименттік анализінен алынған.

METLIN[6] метаболиттер мен химиялық заттарды идентификациялауға көмектесетін деректерді басқару жүйесі ретінде оның MS / MS метаболиттері туралы мәліметтер қорына жалпы қол жетімділікті ұсынады.[4][3] METLIN-тің аннотацияланған молекулалық стандарттар тізіміне метаболиттер және басқа химиялық заттар кіреді, METLIN іздеуді METLIN веб-сайтындағы молекуланың тандемдік масс-спектрометрия деректері, массасы, химиялық формуласы және құрылымы негізінде жасауға болады. Әрбір молекула сыртқы көздермен байланысты, мысалы Киото гендер мен геномдар энциклопедиясы (KEGG ) қосымша анықтама мен анықтама үшін. METLIN дерекқоры әзірленген және оны тек Сьюздак зертханасы жүргізеді Скриппс ғылыми-зерттеу институты.

Үнемі дамып отырады

2000 жылдардың басында оны іске асырудан бастап,[2] еркін қол жетімді METLIN веб-сайты пайдаланушылардан биотехнология, фармацевтикалық және академиялық қауымдастықтың жақсартулары бойынша пікірлер мен ұсыныстар жинады, нәтижесінде метаболомика, сонымен қатар басқа да мыңдаған басқа молекулалық құрылымдар үшін функционалды пайдалы технология пайда болады.[4] METLIN интерфейсі зерттеушілерге мәліметтер қорын іздеуге және метаболиттер мен басқа қосылыстарды дәл масса, бір және бірнеше фрагментті іздеу, бейтарап жоғалту және толық спектрді іздеу мүмкіндіктері сияқты сипаттамалар беруге мүмкіндік береді. Ұқсастықты іздеу функциясы 2008 жылы енгізілген[5] белгісіз молекулаларды идентификациялау процесін жеделдетуге арналған.

METLIN сонымен қатар фрагментті иондық ауысуларға арналған көптеген реакциялар мониторингінің (MRM) кітапханасын құру үшін пайдаланылды.[7] Шағын молекулалы сандық тандемді масс-спектрометрияға арналған METLIN-MRM ауыспалы репозитарийі әртүрлі аспаптар мен зертханаларда мәліметтер алмасуды жеңілдетуге арналған.[7]

METLIN мәліметтер базасы бүкіл әлемдегі пайдаланушыларға мүмкіндік беру үшін бұлтта енгізілген.[4][6] Тандемдік масс-спектрометрия мәліметтер базасын кеңейтуден басқа, METLIN тандемдік масс-спектрометрия деректерін, ізашар массасын, химиялық формулаларды, құрама атауларды іздеудің басқа мүмкіндіктерімен қатар жасауға арналған. Қазіргі таңда 850 000-нан астам химиялық заттардың MS-MS жоғары рұқсатты тандемі оң және теріс иондану режимдерінде төрт түрлі соқтығысу энергиясындағы жаппай спектрлі соқтығысудан туындаған диссоциация туралы мәліметтерді қамтиды.[4]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Сюэ, Цзинчуан; Гиджас, Карлос; Бентон, Х.Пол; Варт, Бенедикт; Сиуздак, Гари (қазан 2020). «METLIN MS 2 молекулалық стандарттар базасы: кең химиялық және биологиялық ресурс». Табиғат әдістері. 17 (10): 953–954. дои:10.1038 / s41592-020-0942-5. ISSN  1548-7105.
  2. ^ а б Smith CA, O'Maille G, Want EJ, Qin C, Trauger SA, Brandon TR және т.б. (Желтоқсан 2005). «METLIN: метаболиттік масс-спектрлік мәліметтер базасы». Есірткіні терапевтік бақылау. 27 (6): 747–51. дои:10.1097 / 01.ftd.0000179845.53213.39. PMID  16404815. S2CID  14774455.
  3. ^ а б в Guijas C, Черногория-Берк JR, Доминго-Альменара X, Палермо А, Варт В, Герман Г, және т.б. (Наурыз 2018). «METLIN: белгілі және белгісіздерді анықтайтын технологиялық платформа». Аналитикалық химия. 90 (5): 3156–3164. дои:10.1021 / acs.analchem.7b04424. PMC  5933435. PMID  29381867.
  4. ^ а б в г. e Xue J, Guijas C, Benton HP, Warth B, Siuzdak G (тамыз 2020). «2 молекулалық стандарттар базасы: кең химиялық және биологиялық ресурс». Табиғат әдістері: 1–2. дои:10.1038 / s41592-020-0942-5. PMID  32839599.
  5. ^ а б Benton HP, Wong DM, Trauger SA, Siuzdak G (тамыз 2008). «XCMS2: метаболитті идентификациялау және құрылымдық сипаттама үшін масс-спектрометрияның тандемдік деректерін өңдеу». Аналитикалық химия. 80 (16): 6382–9. дои:10.1021 / ac800795f. PMC  2728033. PMID  18627180.
  6. ^ а б Tautenhahn R, Cho K, Uritboonthai W, Zhu Z, Patti GJ, Сиуздак Г. (Қыркүйек 2012). «METLIN мәліметтер базасын қолдану арқылы мақсатсыз метаболомикаға арналған жеделдетілген жұмыс процесі». Табиғи биотехнология. 30 (9): 826–8. дои:10.1038 / nbt.2348. PMC  3666346. PMID  22965049.
  7. ^ а б Доминго-Альменара, Ксавье; Черногория-Берк, Дж. Рафаэль; Иванисевич, Джулиана; Томас, Орелиен; Сидибе, Джонатан; Чив, Тони; Гиджас, Карлос; Айспорна, Овен Е .; Ринехарт, Дуэн; Хоанг, Линь; Нордстрем, Андерс (қыркүйек 2018). «XCMS-MRM және METLIN-MRM: бұлтты кітапхана және шағын молекулаларды мақсатты талдауға арналған қоғамдық ресурс». Табиғат әдістері. 15 (9): 681–684. дои:10.1038 / s41592-018-0110-3. ISSN  1548-7105.

Сыртқы сілтемелер