TargetScan - TargetScan

TargetScan
Мазмұны
Сипаттама
Байланыс
ЗертханаДэвид Бартел Зертхана
Кіру
Веб-сайтhttp://www.targetscan.org

Жылы биоинформатика, TargetScan биологиялық мақсаттарды болжайтын веб-сервер болып табылады микроРНҚ (miRNAs) әр миРНҚ-ның тұқым аймағына сәйкес сайттардың болуын іздеу арқылы.[1] Көптеген түрлер үшін 3'-компенсаторлық учаскелер деп аталатын сайттардың басқа түрлері[1] анықталған. Бұл миРНК-ның мақсатты болжамдары зертханамен үнемі жаңартылып, жетілдіріліп отырады Дэвид Бартел мен бірге Уайтхед институты Биоинформатика және ғылыми-зерттеу тобы.[дәйексөз қажет ]

TargetScan құрамына TargetScanHuman кіреді,[2][3][4][5][6] TargetScanMouse,[2][3][4][5][6] TargetScanFish,[6][7] TargetScanFly,[8][9] және TargetScanWorm.[10] адамның, тышқанның гендеріне негізделген сүтқоректілерге, зебрабиштерге, жәндіктер мен нематодтарға болжам жасайды, зебрбиш, Дрозофила меланогастері, және Caenorhabditis elegans сәйкесінше.

Басқа мақсатты болжау құралдарымен салыстырғанда[қайсы? ] TargetScan әр miRNA үшін болжамды мақсаттардың нақты рейтингісін ұсынады.[6] Бұл рейтингтер эволюциялық түрде консервациялау ықтималдығына негізделген (PКТ ұпайлар.[4]) немесе репрессияның болжамды тиімділігі (контекст ++ балл).[6]

Тағы бір ерекшелік[салыстырғанда? ] TargetScan - бұл қосымша mRNA аннотацияларын қолдану. Атап айтқанда, TargetScanWorm және TargetScanFish негізделген C. elegans және зебрбиш мРНҚ модельдері 3 'аударылмаған аймақтар (3 'UTR) пайдалану арқылы анықталады полиаденилдеу дәл жоғары өнімді өткізу әдістерін қолдану арқылы эксперименталды түрде анықталатын сайттар.[7][10]

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б Bartel DP (2009). «MicroRNAs: мақсатты тану және реттеу функциялары». Ұяшық. 136 (2): 215–33. дои:10.1016 / j.cell.2009.01.002. PMC  3794896. PMID  19167326.
  2. ^ а б Lewis BP, Burge CB, Bartel DP (2005). «Аденозиндермен жиі кездесетін тұқымдардың консервіленген жұптасуы адамның мыңдаған гендері микроРНҚ-ның нысаны болып табылады». Ұяшық. 120 (1): 15–20. дои:10.1016 / j.cell.2004.12.035. PMID  15652477.
  3. ^ а б Гримсон А, Фарх Қ.Қ., Джонстон В.К., Гаррет-Энжеле П, Лим Л.П., Бартел ДП (2007). «Сүтқоректілердегі спецификацияға бағытталған MicroRNA: тұқым жұптастырудан тыс детерминанттар». Мол. Ұяшық. 27 (1): 91–105. дои:10.1016 / j.molcel.2007.06.017. PMC  3800283. PMID  17612493.
  4. ^ а б c Фридман RC, Фарх Қ.Қ., Берге К.Б., Бартел ДП (2009). «Сүтқоректілердің мРНҚ-ның көп бөлігі микроРНҚ-ның сақталған нысаны болып табылады». Genome Res. 19 (1): 92–105. дои:10.1101 / гр.082701.108. PMC  2612969. PMID  18955434.
  5. ^ а б Гарсия Д.М., Баек Д, Шин С, Белл ГВ, Гримсон А, Бартел ДП (2011). «Тұқымдарды жұптастырудың әлсіз тұрақтылығы және мақсатты жерлердің көптігі lsy-6 және басқа микроРНҚ-ның деңгейін төмендетеді» (PDF). Нат. Құрылым. Мол. Биол. 18 (10): 1139–46. дои:10.1038 / nsmb.2115. PMC  3190056. PMID  21909094.
  6. ^ а б c г. e Агарвал, Викрам; Белл, Джордж В .; Нам, Джин-Ву; Бартел, Дэвид П. (2015-08-12). «Сүтқоректілердің мРНҚ-да тиімді микроРНҚ мақсатты орындарын болжау». eLife. 4: e05005. дои:10.7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084Х. PMC  4532895. PMID  26267216.
  7. ^ а б Улицкий I, Шкуматава А, Ян Ч., Субтельный А.О., Коппштейн Д, Белл Г.В., Сив Н, Бартел DP (2012). «Зеброфишті дамыту кезінде кең балама полиаденилдену». Genome Res. 22 (10): 2054–66. дои:10.1101 / гр.139733.112. PMC  3460199. PMID  22722342.
  8. ^ Ruby JG, Stark A, Johnston WK, Kellis M, Bartel DP, Lai EC (2007). «Эрозия, биогенез, экспрессия және дрозофила микроРНҚ жиынтығының мақсатты болжамдары». Genome Res. 17 (12): 1850–64. дои:10.1101 / гр.6597907. PMC  2099593. PMID  17989254.
  9. ^ Агарвал, V; Subtelny, AO; Тиру, П; Улицкий, мен; Бартел, DP (4 қазан 2018). «Дрозофиладағы микроРНҚ-ның мақсатты тиімділігін болжау». Геном биологиясы. 19 (1): 152. дои:10.1186 / s13059-018-1504-3. PMC  6172730. PMID  30286781.
  10. ^ а б Jan CH, Фридман RC, Руби Дж.Г., Бартел DP (2011). «3'UTRs Caenorhabditis elegans түзілуі, реттелуі және эволюциясы». Табиғат. 469 (7328): 97–101. дои:10.1038 / табиғат09616. PMC  3057491. PMID  21085120.

Сыртқы сілтемелер