Автофагия дерекқоры - Autophagy database - Wikipedia

Автофагия дерекқорлары
АВТОФАГИЯЛЫҚ МӘЛІМЕТТЕР
Мазмұны
СипаттамаАутофагияға байланысты гендер мен ақуыздарды санаттауға арналған мәліметтер базасы
Байланыс
Зерттеу орталығыАқпараттық биология орталығы; Жапонияның ДНҚ деректер банкі, Люксембург денсаулық сақтау институты
Бастапқы дәйексөзХомма және басқалар, [1], Люксембург денсаулық институты [2]
Шығару күні2010
Кіру
Веб-сайтtp-apg.genes.nig.ac.jp/ аутофагия
Құралдар
желіаутофагия.lu/ индекс.html

Автофагия дерекқоры(-тар) толық тізімін беруге бағытталған аутофагия байланысты гендер мен ақуыздар, олар анықталғанына қарамастан ортологтар немесе гомологтар басқа протеиндермен байланысты. Ақпараттың көптеген түрлерін, соның ішінде дәйектіліктерді, функциялар мен 3D құрылымдарды сақтауға болады, осылайша оларды іздеуге болатын форматта қол жетімді етеді. Іздеуге болатын форматты қолдана отырып, бір көзден алынған ақпарат болашақ зерттеушілер үшін жұмысты жеңілдетеді. Осы дереккөздер осы мақсатқа жақында жарияланған сілтемелерді беру арқылы көмектеседі аутофагия пайдаланушылардың рейтингтері, ақпараттық шолулар тізімі және түпнұсқа талдау нәтижелері сияқты санаттармен қатар. Қалай аутофагия адамның жүрек, бауыр және бүйрек сияқты көптеген ауруларында рөл атқара алады, оның механизмдерін одан әрі түсіну өте маңызды. Зерттеу процесін кейбір мәліметтер базасымен жеңілдету ғылыми пайда әкеледі.[2]

Аутофагия

Аутофагия, жасушалардың өз компоненттерін ыдырату процесі компоненттерді лизосомамен орау арқылы жүзеге асырылады. Содан кейін деградацияланған компоненттерді басқа ұялы процестерде қолдануға болады.

[Толық ақпарат алу үшін сілтемені қараңыз Аутофагия ].

Аутофагия организмдегі жасушалардың функционалды емес немесе қажет емес өзіндік компоненттерді бұзу процесі.[3] Нақтырақ айтқанда, аутофагия Бұл катаболикалық арқылы жасушаның өзіндік компоненттерінің деградациясына байланысты процесс лизосомалық техника.[1] Аутофагия сонымен қатар аштық пен потенциалды қауіпті жасушалық материалдарды кетіру жағдайында өте маңызды, бұл оның өмірді сақтау қажеттілігін көрсетеді.[1] Байланысты суретте көрсетілгендей Аутофагия, жасушалық өнімдер жасуша қолдануға арналған жаңа материалдар шығару үшін лизосомалар сияқты деструктивті жасушалық компоненттермен ыдырайды. Аутофагия мен онымен байланысты процестерді зерттеу соңғы жылдары қатты өрбіді, алайда бұл процестердің көпшілігі толық түсінілмеген және гомологтар көптеген белоктар үшін әртүрлі түрлерде кездеспеген.[1] Оның молекулалық тетіктері толығымен түсіндірілмеген, дегенмен бұл саладағы күрт жетістіктерге қарамастан жүздеген аутофагияға байланысты гендер мен ақуыздар дәлелдейді.[1] Осылайша, адам аутофагиясының ақуыздары мен компоненттерін және / немесе олардың гомологтарын, сондай-ақ басқа түрлердегі ортологтарды сипаттайтын мәліметтер базасына қажеттілік туындады.

Автофагия дерекқоры

Автофагия дерекқоры өнімі болып табылады Ұлттық генетика институты (NIG) [4] NIG 1949 жылы маусымда Білім, ғылым, спорт және мәдениет министрлігімен құрылды, бірінші директор болып профессор Кан Огума сайланды.[4] Уақыт өте келе әр түрлі қосымшаларға көптеген бөлімдер қосылды Генетика, Геномика, ДНҚ Зерттеулер, және, ең бастысы, біздің мақсатымыз үшін ДНҚ деректер банкі.[4] NIG - бұл Жапонияның ақпарат және жүйелер ғылыми-зерттеу ұйымының бөлімшесі, қазіргі кезде оның тоғызыншы директорының бақылауында.[4] NIG ақпаратты оңтайландыруға, сондай-ақ зерттеулерден алынған ақпаратты қоғамдық қолдануға таратуға бағытталған жоғарғы деңгейлі зерттеулер жүргізуге бағытталған.[4] Осы мақсатта осы ұйымның құралы болып табылады Автофагия дерекқоры.


The Автофагия дерекқоры қатысатын ақуыздар туралы мәліметтер базасы аутофагия. The Автофагия дерекқоры барлық өзекті ақпараттарды жинауға, жүйелеуге және оны қолданушылар заманауи білімдерге қол жеткізуі үшін жалпыға қол жетімді етуге ниетті. Нақтырақ айтқанда Автофагия дерекқоры аутофагиядағы қызығушылықтары, зерттеулері және басқалары үшін «бәріне тегін» құралын ұсынады.[3] Осы мақсатты жақсарту үшін қол жетімді Автофагия дерекқоры NIG-тен дерекқорды пайдаланушылар ақпаратты таратуға және бөлісуге шақырады, осылайша аутофагия туралы мәліметтер қажет болған адамдарға ақысыз қол жетімді бола алады.[1] Қызығушылық танытқан зерттеушілер қауымдастығы үшін зерттеуді таратудың бұл моделі үміт туғызады. 2018 жылдың сәуір айындағы жағдай бойынша; 2 жыл бұрын (2018-04), бұл мәліметтер базасында 582 қаралған ақуыз бар.[3] Автофагиялық ақуыздарды қоса алғанда HomoloGene, NCBI, жалпы ақуыздар саны 52000-нан асады.[3] Автофагия дерекқоры аутофагияға байланысты жаңа және ескі ақуыздарды іздеу үшін гомологты ақуыздарды 41 түрлі түрлердің арасында салыстыруды ұсынады, осылайша қазіргі аутофагия зерттеулерін оңтайландыруға болады.[1] Деректер қоры 2010 жылдың наурыз айында көпшілікке қол жетімді болды және қазіргі уақытта 82 эукариоттағы 7444 ген / ақуыздан тұрады.

Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы

Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы өнімі болып табылады Люксембург денсаулық институты (LIH).[5] LIH-дің Люксембург бойынша бірнеше филиалдары бар Биомониторинг, Инфекция және Иммунитет, Денсаулық сақтауды басқару, Онкология, Спорттық медицина, және Биобанк. Осы бөлімдердің әрқайсысы LIH миссиясының мәлімдемесін қолдауға бағытталған, яғни «денсаулық сақтау мен дербестендірілген медицинаның болашақ міндеттеріне әсер ете отырып, ғылыми білімді клиникалық қосымшаларға қалыптастыру және аудару».[5] Бұл құралдарды ұсынды.[5] LIH эксперименттік қатерлі ісік ауруларын зерттеу зертханасы осы құралдардың бірін құруға көмектесті, бұл құрал ретінде белгілі мәліметтер базасы болды. Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы.


Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы (HADb) - тағы бір қол жетімді аутофагия ресурсы. [2] Айырмашылығы жоқ Автофагия дерекқоры, Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы адамдарда кездесетін ақуыздарды ғана салыстырады. HADb - бұл тек адамға ғана арналған аутофагия дерекқоры, мұнда зерттеушілер аутофагия зерттеулерінің ауқымды кеңеюін өтейтін бұрыннан берік дерекқор болмағандықтан, тікелей және жанама байланысты аутофагиялық белоктардың жаңартылған тізімін таба алады.[2] HADb тек қызығушылық гені туралы ақпарат бермейді, сонымен қатар қызығушылық генін талдауға болатын мәліметтер базасына айналуға бағытталған.[2] Осы мақсатта HADb аутофагияға байланысты ақуыздар тұрғысынан барынша толық жасалды, дегенмен жаңадан табылған ақуыздар мен гендер әр түрлі қолданушылар арқылы Жіберу бөлім. Ұсынған ақпарат Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы бұдан әрі биоинформатикада қолдануға болады.

Биоинформатикада қолдану

Бұл мәліметтер базасы биологиялық ақпараттың үлкен қоймасы екенін ескере отырып, оларды ақпарат жинау мен талдауды жеңілдету үшін биоинформатика қосымшаларында қолдануға болады. Биоинформатика жетілдірілген ғылыми жаңалықтарға көмектесу үшін биологиялық жаңалықтарды үлкен мәліметтермен жұптастырады. Әр дерекқорды аутофагиялық ақуызды немесе қызығушылық тудыратын генді зерттеу үшін пайдалануға болады, мұнда осы мәліметтер базасы пайдаланушының ұсыныстарымен қамтамасыз етіледі. Әр генге арналған ақпаратты қол жетімділік үшін пайдалануға болады Энтрез, Ансамбль, және PubMed. FASTA сияқты сайттарды қолдана отырып, реттілікті талдау үшін реттілік қол жетімді Жарылыс. Қол жетімді нақты пайдалану Автофагия дерекқоры және Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы төменде көрсетілген.

Автофагия дерекқоры әртүрлі түрлердегі аутофагияға байланысты ақуыздарды іздеуге арналған бірнеше қол жетімді функцияларға ие.

ADb параметрлері

Пайдаланушы кіре алады Автофагия дерекқоры кезінде http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html. Берілген кескін, «ADb үшін опциялар», осы мәліметтер базасы үшін қол жетімді түрлі нұсқаларды көрсетеді. Барлық жарықтандырылмаған қойындылар гендерді іздеуге байланысты емес қосымша ақпарат пен байланыс ақпаратын ұсынады. Пайдаланушы сілтеме жасай алады:

Ақуыздар тізімі аутофагия үшін бір қолдану
  • The Ақуыздар тізімі, сары түспен бөлінген, мұнда пайдаланушы ағзаны таңдап, іздей алады Синонимдер, Ген идентификаторы, және Ақуыздың қосылуы, басқа функциялармен қатар. Бұл функция пайдаланушыға қызығушылық тудыратын гендер туралы ақпаратты іздеудің бірнеше нұсқаларын ұсынады. Қол жетімді опциялар Автофагия дерекқоры үшін Ақуыздар тізімі оңға келтірілген мысалдан көруге болады Ақуыздар тізімі оңға беріледі. Сияқты әр түрлі опцияларды таңдау Синонимдер, пайдаланушыға нақты сұраныстарды пайдаланып іздеуге мүмкіндік береді.
  • астындағы гомологтар мен ортологтар арасындағы аутофагияға байланысты ақуыздардың матчтары Гомологтар қойынды, жасыл түспен белгіленген. Мұны оң жақтағы кескінге сәйкес қолдануға болады, Гомологтар, мұнда қажетті ұяшықтарды таңдау арқылы ортологтар мен гомологтарды әртүрлі организмдер мен таксондар арасында салыстыруға болады.
  • нақты гендерді іздеу. Мұны пайдаланып аяқтауға болады Кілт сөзді іздеу, көкпен ерекшеленген және белгілі бір түрге қызығушылық танытатын белгілі генді сәйкестендіру үшін де қолданылуы мүмкін. Бұл әлеуетті ортологтарды анықтауға көмектеседі.
Гомологтар аутофагиясының мәліметтер қоры үшін бір қолдану
  • қызығушылық геніне гомологтар мен ортологтар. Гомологиялық іздеу, қызғылт сары түспен белгіленген, а іздеу үшін қолданыла алады FASTA немесе белгілі геннің форматталмаған мәтін дәйектілігі. Бұл байланысты аутофагияға байланысты ақуыздарды табуға немесе гомологтар немесе ортологтарды табуға көмектеседі. Гологологтар мен ортологтарды қолданушы әр түрлі түрлер мен таксондардың сәйкес суретте көрсетілген түрін ескере отырып, түрлердің ішінде немесе арасында салыстыра алады.
  • мәліметтер базасында қол жетімді бір ген мен аутофагия гендерінің арасындағы байланысты талдау. Түпнұсқа талдауларсұр түспен ерекшеленген, белгілі генмен аутофагияға байланысты гендердің сәйкес келуін табу үшін қолданылуы мүмкін. Осы функцияларды тиімді пайдалану үшін пайдаланушы барлық гендік файлдарды жүктеу үшін «Жүктеу» қойындысына жүгінуі керек, сондықтан бұл функция Автофагия дерекқоры толығымен пайдалануға болады.


Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы үшін қол жетімді функциялары бар Генді іздеңіз және Кластерлеу.[2]

Генді іздеңіз: HADb.

Кіру кезінде http://autophagy.lu/index.html, бұл опцияларға қол жеткізуге болады. Мүдделі тараптар да қатыса алады Жіберу мәліметтер базасына адамның жаңа аутофагия ақуыздары. Пайдаланушы мәліметтер базасын келесі параметрлерге сәйкес қолдана алады:

  • Пайдаланушы генді іздеуі мүмкін Генді іздеңіз санат. Генді өзінің гендік белгісін пайдалану үшін іздеуге болады, Ансамбль қосылу нөмірі, хромосома орны немесе тиісті кілт сөз. Осы әдісті қолдана отырып, қызығушылық геніне қол жеткізудің қарапайым нұсқаулары «Ген іздеңіз: HADb» суретте келтірілген. Қысқаша айтқанда, пайдаланушы веб-сайтқа кіріп, белгіленген қойындыны таңдап, байланысты суретте берілген қол жетімді қойындыларды пайдаланып, олардың қызығушылық генін іздейді. Нақтырақ айтқанда, пайдаланушы байланыстырылған кестеде қандай опцияны қолданғысы келетінін таңдап, содан кейін қажетті қойынды үшін ақпаратты толтырады Таңба немесе синоним, Хромосома, Қосылу нөмірі, немесе Кілт сөз. Қойынды таңдалғаннан кейін, аутофагияға байланысты кез-келген байланысқан ақуыздарды анықтау үшін ақпарат енгізуге және іздеуге болады.
Кластерлеу: HADb.
  • Пайдаланушы сілтеме жасай алады Кластерлеу мұнда гендер алфавиттік тәртіппен қаралуы мүмкін. Осы іздеуді қалай жүргізудің оңайлатылған картасы «Кластерлеу: HADb» кескінінде көрсетілген. Пайдаланушы алдымен сілтеме жасайды http://autophagy.lu/index.html Содан кейін олар өздерінің қызығушылық геніне қол жеткізу үшін «Кластерлеу» кескінінде белгіленген қойындыны таңдайтын болады. Содан кейін пайдаланушы қосымша ақпарат жинау үшін өздерінің қызығушылық генін алфавит бойынша таңдай алады. Бұл мәліметтер базасында адамның аутофагиясының гендері ғана болса да, пайдаланушы пайдалану үшін дерекқорды жүктеп алудың қажеті жоқ және күрделі аутофагия процесіне қатысатын гендер мен ақуыздарды таба алады.

Мәліметтер базасының шектеулері

Әр мәліметтер базасы өзінің күшті және әлсіз жақтарын ұсынады.

  • Автофагия дерекқоры: Тұжырымдамалық тұрғыдан, Автофагия дерекқоры әртүрлі түрлердегі аутофагияға байланысты ақуыздар туралы ақпаратқа оңай қол жетімділікті ұсынады.[3] Алайда, бұл мәліметтер базасын пайдалануда кейбір мәселелер бар. Пайдаланушы қол жетімді қойынды опцияларының ассортиментін пайдаланып көруі мүмкін ADb параметрлерідегенмен, бұл опцияларды мазмұнды жүктемей пайдалану мүмкін емес Автофагия дерекқоры. Пайдаланушы қол жетімді болғанымен Жүктеу қойындысы («ADb үшін опциялар» -да ақ) көрсетілген, бұл тек АҚШ-қа негізделген wifi қызметін пайдаланған кезде мәтін шығысын ұсынады. Осылайша, пайдаланушы жоғарыда аталған а-да көрсетілген көптеген нұсқаларға қол жеткізе алмайды GUI формат, бірақ мәтіндік шығуды іздеу керек. Пайдаланушы жүктеу мүмкін Автофагия дерекқоры, бірақ бұл файлдарға Apple OS арқылы кіру қиынға соғуы мүмкін. Бұл АҚШ-тағы пайдаланушы үшін пайдаланудың қарапайымдылығын азайтады Автофагия дерекқоры 'утилитасы. Бұл оны қолданудың қарапайымдылығын қиындататын халықаралық қол жетімді мәліметтер базасының ықтимал асқынуы.
  • Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы: Сондай-ақ, халықаралық деңгейде қол жетімді мәліметтер базасы, пайдалану үшін қарапайымдылық Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы айтарлықтай жақсарды. Шектеулі болса да, барлық қол жетімді опцияларға АҚШ-та орналасқан wifi қызметін пайдалану арқылы қол жеткізуге болады. Адамның аутофагиясының мәліметтер базасы деректерді жинауға және талдауға арналған опциялардың массивінде шектеулі, өйткені ұсынылғаннан гөрі азырақ нұсқалар бар Автофагия дерекқоры. Деректер базасында адамның аутофагиясына байланысты гендер мен ақуыздар ғана сақталады,[2] ал Автофагия дерекқоры аутофагияға байланысты гендер мен ақуыздар туралы әр түрлі түрлер үшін ақпарат бар.

Мәліметтер базасының артықшылықтары

Әр базаның жеке және күшті жақтары болғанымен, олардың әрқайсысы олқылықтың орнын толтыруға көмектеседі.[3] Қосымша толықтырулар болашақта осы мәліметтер базасын жақсартуға көмектеседі. Дегенмен, гендерді немесе ақуыздарды іздеу үшін толығырақ болатын мәліметтер базасы болуы мүмкін, мысалы NCBI, HADb және Автофагия дерекқоры аутофагияға байланысты гендер мен белоктар туралы толық ақпаратты ұсыну. GUI әрқайсысы үшін толығымен жетілдірілмеген және оған қол жеткізу қиынырақ болуы мүмкін, бірақ осы мәліметтер базаларының әрқайсысы басты назар аударады аутофагия, ал NCBI аутофагияға бірдей бағытталған әдісті қолданбайды. Осылайша, HADb және Автофагия дерекқоры аутофагияға байланысты гендер мен ақуыздарды зерттеудің қызықты бағытын ұсына алады.

Сондай-ақ қараңыз

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ а б c г. e f ж Хомма, Кейиичи; Сузуки Кодзи; Сугавара Хидеаки (қаңтар 2011). «Автофагия дерекқоры: зерттеу үшін тамақ беретін аутофагия туралы барлық ақпарат көзі». Нуклеин қышқылдары. Англия. 39 (Деректер базасы мәселесі): D986-90. дои:10.1093 / nar / gkq995. PMC  3013813. PMID  20972215.
  2. ^ а б c г. e f ж Люксембург денсаулық институты. (nd). HADb: Адам аутофагиясының мәліметтер базасы. 13 сәуір 2018 ж. Бастап алынды http://autophagy.lu/index.html
  3. ^ а б c г. e f Хомма, К., Сузуки, К., & Сугавара, Х. (нд). Автофагия дерекқоры. 13 сәуір 2018 ж. Бастап алынды http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html
  4. ^ а б c г. e Ұлттық генетика институты. (2018). Ұлттық генетика институты. 23 сәуір 2018 ж. Бастап алынды https://www.nig.ac.jp/nig/
  5. ^ а б c Люксембург денсаулық институты. (2015). Люксембург денсаулық институты. 23 сәуір 2018 ж. Бастап алынды https://www.lih.lu/

Сыртқы сілтемелер