KRBA1 - KRBA1
| KRBA1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторлар | |||||||||||||||||||||||||
| Бүркеншік аттар | KRBA1, KRAB-1 домені | ||||||||||||||||||||||||
| Сыртқы жеке куәліктер | MGI: 1925077 HomoloGene: 15880 Ген-карталар: KRBA1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологтар | |||||||||||||||||||||||||
| Түрлер | Адам | Тышқан | |||||||||||||||||||||||
| Энтрез | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (ақуыз) | |||||||||||||||||||||||||
| Орналасқан жері (UCSC) | Chr 7: 149.71 - 149.73 Mb | Chr 6: 48.4 - 48.42 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed іздеу | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Уикидеректер | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
KRBA1 Бұл ақуыз адамдарда KRBA1 кодталған ген. Ол 7-ші хромосоманың 149,411,872-ден 149,431,664-ке дейінгі тізбегінде орналасқан.[5] Ол, әдетте, екі басқа бүркеншік атпен танымал: KIAA1862 және KRAB A 1 генді қамтитын домен және адамдарда KRBA1 ақуызын кодтайды.[6] KRBA гендер тұқымдасы әр түрлі транскрипциялық репрессор белоктарын кодтайды деп түсінеді[7]
Джин
KRBA1 гені орналасқан хромосома 7 адамда 7q36. Бұл ұзындығы 3786 базалық жұп, 17-ге тең экзондар барлығы, алайда кодтау тізбегі 3196 базалық жұпты құрайды, нәтижесінде 1064 ақуыз пайда болады аминқышқылдары.[8]
Ақуыз
KRBA1 ақуызының болжамды мөлшері бар изоэлектрлік нүкте 7,8pI және болжамды молекулалық салмағы 112 кД құрайды, бұл оны салыстырмалы түрде үлкен және бейтарап протеин етеді.[9] Бұл ақуыз ең алдымен төрт амин қышқылынан тұрады. Төртеуі: Proline 15,7%, Глицин 11,2%, Серин 10,9%, және Лейцин 10,2% деңгейінде.[9] Пролин орташа пропорциялардан әлдеқайда жоғары. Алайда, ол жалғыз болды және M, N, Y, I және F аминқышқылдары орташа пропорциялардан сәл төмен.
Isoforms
Бұл ақуыздың изоформасы 1 және 2 деп аталатын екі изоформасы бар, изоформ 1 - кішісі, өйткені ол N-терминалы қысқа. Сонымен қатар, оның 5'-UTR айырмашылығы бар, ал бастапқы кодон төменгі ағысқа қарай орналасқан.[8]
Домендер мен мотивтер
Функцияның домені болып табылады KRBA қорабы 7 базалық жұптан басталып, 47 негізгі жұптан басталады деп болжануда. Мотивтер үшін а болды лейцинді найзағай және екі ядролық локализация сигналдары (NLS) табылды.[10] Сонымен қатар, пролинге бай екі аймақ бар C терминалы ақуыз.[11]
Лейциндік найзағай 837 негізгі жұбында бар: LHSLGAALAEKLDRLATALAGL
Бір 4 үлгі және бір 7 үлгі NLS табылды
pat4: KRPR @ 763bp
pat7: PSRRKSH @ 217bp
Екінші және үшінші құрылым
Пайдалану GOR4 Бағдарламаға сәйкес, KRBA1-дің ерекшелігі өте аз деп айтуға болады екінші құрылым негізінен кездейсоқ катушкалар аймақтарынан тұрады. Кездейсоқ катушкалар аймақтары белоктың 75,00% құрайды, ал альфа-спиральдар 16,26%, ал кеңейтілген жіптер 8,74% құрайды.[12] Альфа спиралдары ақуыздың көптеген бөліктеріне бөлінеді.
ДНҚ деңгейінің реттелуі
Промоутер
Промоутерлік аймақ Genomatix-те ElDorado көмегімен таңдалды, онда мүмкін промоутерлік аймақтар үшін KRBA1 гендік локусы бағаланды. Тоғыз ықтимал промоутер жиынтығының ішінен Promoter Set 2 таңдалды (GXP_660502), оның транскрипцияларында басқа жиынтықтарға қарағанда CAGE тегтерінің саны әлдеқайда көп болды. GXT_27212195 транскриптін кодтау қолданылды, өйткені ол экзондардың ең көп санына ие болды (мүмкін 17/17) және KRBA1 mRNA үшін NCBI-де NM_001290187 қосылу нөмірімен сәйкес келді.[13]
Транскрипция коэффициентін байланыстыратын орындар
| Матрица отбасы | Отбасы туралы толық ақпарат | Матрица | Матрица туралы толық ақпарат | Bp бастап | Bp аяқталады | Anchor bp | Strand | Ұқсастық | Жүйелі |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| V $ ZTRE | Мырыш транскрипциялық реттегіш элементі | V $ ZTRE.03 | 5 'ZTRE мотивінің жарты жері | 1141 | 1157 | 1149 | (+) | 0.993 | ccCTCCccctcggccca |
| V $ ZTRE | Мырыш транскрипциялық реттегіш элементі | V $ ZTRE.03 | 5 'ZTRE мотивінің жарты жері | 898 | 914 | 906 | (-) | 0.989 | ccCTCCcctcgtccccg |
| V $ ZTRE | Мырыш транскрипциялық реттегіш элементі | V $ ZTRE.04 | ZTRE мотивінің 3 'жарты жері | 1133 | 1149 | 1141 | (-) | 0.984 | gggGGAGgggcgggggt |
| V $ ZTRE | Мырыш транскрипциялық реттегіш элементі | V $ ZTRE.04 | ZTRE мотивінің 3 'жарты жері | 906 | 922 | 914 | (+) | 0.983 | aggGGAGggggcgggga |
| V $ PLAG | Плеоморфты аденома гені | V $ PLAG1.01 | Плеоморфты аденома гені (PLAG) 1, дамыған, реттелген C2H2 мырыш саусақ ақуызы | 66 | 88 | 77 | (+) | 0.951 | cgGAGGccgggacgaggggttgt |
| V $ PLAG | Плеоморфты аденома гені | V $ PLAG1.02 | Плеоморфты аденома гені 1 | 307 | 329 | 318 | (-) | 1 | aaGGGGgcctgcggggctaagcc |
| V $ PLAG | Плеоморфты аденома гені | V $ PLAG1.02 | Плеоморфты аденома гені 1 | 459 | 481 | 470 | (+) | 1 | caGGGGgaggcagaggagagtgg |
| V $ PLAG | Плеоморфты аденома гені | V $ PLAG1.02 | Плеоморфты аденома гені 1 | 30 | 52 | 41 | (+) | 1 | gaGGGGgctttgcccgagtgggc |
| V $ SMAD | Омыртқалы SMAD транскрипция факторлары | V $ SMAD3.01 | TGF-бета сигнализациясына қатысатын Smad3 транскрипция коэффициенті | 199 | 209 | 204 | (+) | 0.994 | gctGTCTgggc |
| V $ SMAD | Омыртқалы SMAD транскрипция факторлары | V $ SMAD3.01 | TGF-бета сигнализациясына қатысатын Smad3 транскрипция коэффициенті | 213 | 223 | 218 | (+) | 0.996 | aagGTCTggac |
| V $ SMAD | Омыртқалы SMAD транскрипция факторлары | V $ SMAD3.01 | TGF-бета сигнализациясына қатысатын Smad3 транскрипция коэффициенті | 428 | 438 | 433 | (-) | 0.994 | ctgGTCTgggc |
| V $ SMAD | Омыртқалы SMAD транскрипция факторлары | V $ SMAD3.02 | Smad3 транскрипция коэффициенті PG.1 TGF-бета сигнализация факторына қатысады | 363 | 373 | 368 | (-) | 0.993 | cctGTCTggag |
| V $ AHRR | AHR-arnt гетеродимерлері және AHR-мен байланысты факторлар | V $ AHRARNT.03 | AHR / ARNT гетеродимерлерімен байланысқан DRE (диоксинге жауап элементтері), XRE (ксенобиотикалық реакция элементтері) | 41 | 65 | 53 | (+) | 0.971 | gcccgagtggGCGTgcgcctttcct |
| V $ AHRR | AHR-arnt гетеродимерлері және AHR-мен байланысты факторлар | V $ AHRARNT.03 | AHR / ARNT гетеродимерлерімен байланысқан DRE (диоксинге жауап элементтері), XRE (ксенобиотикалық реакция элементтері) | 246 | 270 | 258 | (+) | 0.952 | agtctcctctGCGTgggaccacagc |
| V $ AHRR | AHR-arnt гетеродимерлері және AHR-мен байланысты факторлар | V $ AHRARNT.01 | Арил көмірсутегі рецепторы / Arnt гетеродимерлері | 556 | 580 | 568 | (-) | 0.97 | gtcacattttgCGTGcctgtttgct |
| V $ AHRR | AHR-arnt гетеродимерлері және AHR-мен байланысты факторлар | V $ AHRARNT.03 | AHR / ARNT гетеродимерлерімен байланысқан DRE (диоксинге жауап элементтері), XRE (ксенобиотикалық реакция элементтері) | 658 | 682 | 670 | (-) | 0.956 | gtccggccggGCGTgggtgggacag |
Өрнек үлгісі
Адамдарда бұл ген барлық жерде орташа геннің экспрессиясынан шамамен 0,6 есе асып түседі.[8] Осыны ескере отырып, бұл ген жүректе бәрінен де көрінеді. Репродуктивті органдар мен ми сияқты басқа салаларда кейбір көріністер бар, бірақ бұл әлдеқайда аз. Әдеттегі тышқан туралы сөз болғанда Бұлшықет бұлшықеті, KRBA1 генінің экспрессиясы адамдармен салыстырғанда дененің әртүрлі аймақтарында кездеседі. Тышқандарда ең жоғары көрініс жүректе емес, репродуктивті органдарда бүйрек үсті безі мен тимуспен бірге жүреді.[8]
Ақуыз деңгейінің реттелуі
Локализация
Бұл ақуыз ядрода локализацияланған.[5] Ген құрамында 4 қалдық үлгісі және 7 қалдық үлгісі сигналы сияқты екі ядролық оқшаулау сигналы (NLS) болады деп болжануда.[10]
Аударма модификацияларын жіберіңіз
Трансляциядан кейінгі түрлендірулердің көптеген түрлері табылған жоқ. Алайда, олардың аз мөлшері ақуыздың жоғары деңгейінде кездеседі. Бірнеше табылды: O-GlcNAc,[14] O-гликозилдену,[15] және таза фосфорлану,[16] және гликация.[17] Олардың төртеуінде де ақуыздың көптеген бөліктері бар.
Гомология және эволюция
KRBA1 ортологтарының салыстырмалы түрде жоғары мутациялық жылдамдығы бар, олар төмендегі графикте көрсетілгендей, KRBA1 фибринопептидтермен, гемоглобинмен және цитохром С-мен салыстырады. Төмендегі кестеде келтірілген ортологтар дәйектілігі мен ұқсастығы бойынша сұрыпталған.[8]
| Түр және түрлер | Жалпы аты | Таксономиялық топ | Дивергенция күні (MYA) | Қосылу нөмірі | Рет ұзындығы (аа) | Реттік сәйкестілік% | Тізбектік ұқсастық |
| Homo sapiens | Адамдар | приматтар | жоқ | NP_001277116.1 | 1064 | 100% | 100% |
| Equus asinus | Asinus | Equidae | 96 | XP_014686007.1 | 1179 | 63% | 69% |
| Leptonychotes weddellii | Уэдделдің мөрі | Пиннипедия | 96 | XP_030881320.1 | 1142 | 63% | 69% |
| Фока витулина | Порт мөрі | Пиннипедия | 96 | XP_032257255.1 | 1184 | 63% | 69% |
| Nannospalax galili | Үлкен моль егеуқұйрығы | Роденция | 90 | XP_008832018.1 | 1103 | 62% | 69% |
| Felis catus | Мысық | Фелида | 96 | XP_011278956.2 | 1159 | 62% | 67% |
| Бұлшықет бұлшықеті | Тышқан | Роденция | 90 | NP_001334081.1 | 1078 | 58% | 67% |
| Мус Пахари | Гариднердің семейкасы | Роденция | 90 | XP_029390880.1 | 1086 | 57% | 66% |
| Gallus gallus | Тауық | Aves | 312 | XP_025003155.1 | 555 | 40% | 52% |
| Pogona vitticeps | Орталық сақалды айдаһар | Рептилия | 312 | XP_020655832.1 | 1697 | 36% | 51% |
Функциясы және биохимиясы
Бұл гендегі функцияның саласы KRAB (Kruppel-мен байланысқан қорап) домені - қорап және ол 7-ден 47-ге дейінгі аминқышқылынан тұрады деп аталады. Бұл KRAB-ZFPs отбасының мырыш саусақ ақуыздарының кіші тобындағы транскрипциялық репрессия домені. .[7] KRAB домені басқа белоктармен және корепрессорлармен әрекеттеседі және оларды қабылдайды, содан кейін транскрипцияны басады. Механизм келесідей көрінеді: KRBA ақуыздары өздерінің KRAB домені арқылы KAP1 репрессорын (KRAB-мен байланысқан ақуыз-1, сондай-ақ транскрипция делдал фактор 1 бета, KRAB-A өзара әрекеттесетін ақуыз деп атайды) алады. Содан кейін KAP1 / KRAB кешені гетерохроматин протеині 1 (HP1) және басқа хроматинді модуляциялайтын ақуыздарды қабылдайды, бұл гетерохроматин түзілуі арқылы транскрипциялық репрессияға әкеледі.[7]
Өзара әрекеттесетін белоктар
STRING мәліметтер базасын қолдана отырып, өзара әрекеттесетін екі ақуыздың өзара әрекеттесу нәтижелері жоғары екендігі анықталды. Өзара әрекеттестіктің жоғары баллдары - бұл 0,7-ден жоғары кез-келген ұпайлар. Екі ақуыз - транскрипция делдал фактор-бета (TRIM28 ) 0,903 баллмен және лейцинге бай қайталанатын протеин 61 (LRRC61) 0,803 баллмен.[19]
Клиникалық маңызы
Зайбо Ли және т.б. жасаған зерттеу. al KRAB-A-доменін іс жүзінде көрсетті. Von-Hippel Lindau ісік супрессоры (pVHL) белоктық кешеннің бөлігі болып табылады, ол E3 ubiquitin ligase деп аталады және ыдырау үшін гипоксия-индуктивті фактор 1а (HIF-1a) бағытталған. PVHL ақуызымен әрекеттесетін және оның жұмысына көмектесетін жаңа ақуыз табылды деп хабарлайды.[20] pVHL гистон деацетилазаларын енгізу арқылы жұмыс істейді және оған жаңа белоктың белгілі бір домені көмектеседі. Бұл Ли және т.б. зерттеулерінде көрсетілген. бұл домен KRAB-A-домені болып табылады және ол pVHL-дің HIF-1a транскрипциялық репрессиясын жүзеге асырады.[20] Сонымен қатар, зерттеу көрсеткендей, KRAB-A-домені гистон деацетилазаларын жинау қабілетінің жоғарғы жағында транскрипцияны басады.[20]
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б c GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000133619 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ а б c GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000042810 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ а б «AceView: Ген: KRBA1, mRNA немесе ESTsAceView бар адам, тышқан және құрт гендерінің толық аннотациясы». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-02.
- ^ «KRBA1 гені - гендік карталар | KRBA1 протеині | KRBA1 антиденесі». www.genecards.org. Алынған 2020-05-02.
- ^ а б c «CDD сақталған ақуыздық домендер отбасы: KRAB_A-қорап». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-02.
- ^ а б c г. e f «KRBA1 KRAB-1 [Homo sapiens (адам)] - ген - NCBI бар домен». www.ncbi.nlm.nih.gov. Алынған 2020-05-02.
- ^ а б «ExPASy - pI / Mw есептеу құралы». web.expasy.org. Алынған 2020-05-02.
- ^ а б «PSORT II Болжамы». psort.hgc.jp. Алынған 2020-05-02.
- ^ «ELM - ELM ресурсын іздеу». elm.eu.org. Алынған 2020-05-02.
- ^ «NPS @: GOR4 екінші ретті құрылымын болжау». npsa-prabi.ibcp.fr. Алынған 2020-05-02.
- ^ а б «Genomatix - NGS деректерін талдау және дербестендірілген медицина». www.genomatix.de. Алынған 2020-05-02.
- ^ «YinOYang 1.2 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-05-02.
- ^ «NetOGlyc 4.0 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-05-02.
- ^ «NetPhos 3.1 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-05-02.
- ^ «NetGlycate 1.0 сервері». www.cbs.dtu.dk. Алынған 2020-05-02.
- ^ «TimeTree :: Timescale Life». www.timetree.org. Алынған 2020-05-03.
- ^ «KRBA1 ақуызы (адам) - STRING өзара әрекеттесу желісі». нұсқа11.string-db.org. Алынған 2020-05-02.
- ^ а б c Li Z, Wang D, Na X, Schoen SR, Messing EM, Wu G (сәуір 2003). «VHL протеині HIF-1alpha транскрипциялық белсенділігін басу үшін жаңа KRAB-A домен ақуызын алады». EMBO журналы. 22 (8): 1857–67. дои:10.1093 / emboj / cdg173. PMC 154465. PMID 12682018.